1.青海發光桿菌斜面保藏法將菌種轉接在適宜固體斜面培養基上,待其充分生長后,用牛皮紙將棉塞部分包扎好（棉塞換成膠塞效果更好）,置4C冰箱中包藏.保藏時間依微生物的種類而定.霉菌,放線菌及芽孢菌保存2-4個月移種一次,酵母菌間隔兩個月,普通細菌一個月,假單胞菌兩周傳代一次.此法優點是操作簡單,使用方便,缺點是保藏時間短,易被污染. 
2.液體石蠟保藏法將無菌石蠟加在已長好菌的斜面上,其用量以高出斜面頂端1CM為準,使菌種與空氣隔絕.將試管直立,置低溫或室溫下保存.此法實用且效果較好.霉菌,放線菌,芽孢菌可保藏兩年以上,酵母菌可保藏1-2年,普通細菌也可保藏1年左右. 
3.穿刺保藏法按穿刺接種方式培養菌種,菌種長好后用膠塞封嚴,置4℃冰箱存放. 
4.砂土管保藏法

（1）河砂處理取河砂若干加入鹽酸10%,加熱煮沸30min除去有機機質.倒去鹽酸溶液,用自來水沖洗至中性,zui后一次用蒸鎦水沖洗,烘干后用40目篩子過篩,棄去粗顆粒,備用.

（2）土壤處理取非耕作層不含腐殖質的痩黃土或紅土,加自來水浸泡洗滌數次,直至中性.烘干后碾碎,用100目篩子過篩,粗顆粒部分丟掉.

（3）青海發光桿菌砂土混合處理妥當的河砂與土壤按3:1的比例摻合（或根據需要而用其他比例,甚至可全部作砂或土）均勻后,裝入10x100mm的小試管或安瓿管中,每管分裝1g左右,塞上棉塞,進行滅菌（通常采用間歇滅菌2--3次）,zui后烘干.

（4）無菌檢查每10支砂土管隨機抽1支,將砂土倒入肉湯培養基中,30℃培養40h,若發現有微生物生長,所有砂土管則需重新滅菌,再作無菌試驗,直至證明無菌后方可使用.

（5）菌懸液的制備取生長健壯的新鮮斜面菌種,加入2-3ml無菌水（每18x180mm的試管斜面菌種）,用接種環輕輕將菌苔洗下,制成菌懸液.

（6）分裝樣品每支砂土管（注明標記后）加入0.5ml菌懸液（剛剛使砂土潤濕為宜）,用接種針拌勻.

（7）干燥將裝有菌懸液的砂土管放入干燥器內,干燥器底部盛有干燥劑.用真空泵抽干水分后火焰封口（也可用橡皮塞或棉塞塞住試管口）.

（8）保存置4℃冰箱或室溫干燥處,每隔一定的時間進行檢測.此法多用于產芽孢的細菌,產生孢子的霉菌和放線菌.在抗生素工業中應用廣泛,青海發光桿菌效果較好,可保存幾年時間,但對營養細胞效果不佳.